員工培訓的難題主要有以下幾個：
1.企業培訓的時間是個瓶頸。很多企業都有這樣的感覺：忙的時候有錢賺，沒時間培訓，閑的時候沒錢賺，搞不起培訓，那么，什么時候可以培訓?其實可以考慮建立企業培訓基金，構建企業培訓體系，確立中長期的企業培訓戰略，將培訓基金滾動積累，培訓活動與企業業務周期形成動態配置，也就是說，培訓費用專款專用，培訓活動靈活安排，與業務淡旺季穿插進行，就能夠解決這一問題。當然，培訓內容有務虛和應急之別，應急的培訓在時間上安排要靠搶靠擠，即使占用工作時間，但是只要“磨刀不誤砍柴功”，培訓用去的時間還是劃算的。務虛的培訓，立足長遠，可以做一段較長時間的安排，如果確實工作時間不能占用，那么就犧牲一些休息時間，現在，有的企業利用周末的休息時間進行常年培訓，久而久之，取得了明顯的效果。
2.新來的員工需要培訓，可是培訓成本很高，試用期培訓免費，但是試用期員工可以隨時辭職，培訓費用誰來承擔?會不會培訓好了就走，企業成了新兵訓練營?但是，根據法律，員工結束試用期以后正式錄用，不得隨意跳槽，除企業侵害員工權益外，需要提前一個月告知企業，企業完全有時間處理培訓費用問題，另外，試用期的設定，不是法律規定企業的強制義務，如果員工素質基本合格，可以縮短或取消試用期，直接正式錄用，就沒有試用期風險，再則，即使設定試用期，也可以限制試用期培訓的內容，盡量控制試用期培訓成本，使試用期培訓損失降低到最低水平。
3.員工需要提高，才能保持職業壽命，企業因此也能保持核心競爭力，但是，由誰付學費?理論上說，一般知識技能屬于通用型，應當由員工個人承擔學費，特殊知識技能屬于專門型，應當由企業承擔，但是，象思科、華為等網絡工程師的知識技能到底屬于通用型還是專門型，即使是財務、營銷人員，其知識技能結構中又如何區分通用部分和專門部分?從理論上說，通用型知識技能的適用面廣，有效壽命長，受益方更多是員工個人，而且，員工的通用型知識技能與其職務任職條件和工作要求關系不夠密切，信息源:電子商務人才網_www.job003.cn_雄鷹標志所以員工進入企業后學習通用型知識技能的費用由自己負擔有一定的合理性，但是，現代企業對員工知識技能的要求越來越趨于通用、廣博、扎實、全面，如果從培訓費用上斤斤計較，將限制員工知識技能的通用性方向的發展，也不利于企業的長遠發展。最好還是從勞動合同與培訓合同上對培訓費用的范圍、承擔方式以及賠償責任作出適當的規定，比直接區分通用型和專門型知識技能的效果要好些 。
4.目前，員工跳槽(指員工在勞動合同期內擅自離職)已經是普遍現象，而且，員工跳槽與其知識技能的市場競爭力成正相關，也就是說，越有本事越跳槽，無論如何，員工跳槽都會使企業的知識產權受到損失。掌握企業商業秘密和知識成果的員工，既是企業知識產權的創造者，又是企業知識產權的享有者，而且，在創造企業知識產權的過程中，本身也是通過企業培訓形成的知識技能，因此，這里有兩個問題，一個是如何確認員工的知識技能的形成是企業在人力資源開發方面的投資，這種投資的數額如何計算，信息源:電子商務招聘網_www.job003.cn_雄鷹標志又怎樣通過員工的創造性工作實現投資回報;另一個是如何界定企業知識產權的市場價值，以及合理劃分企業享有部分和員工享有部分，考慮到企業知識產權有秘密性、收益性和用途上的特殊性，員工享有既不可能也無必要，那么，能否在確定知識產權的市場價值的基礎上，給員工適當的經濟報償，這種補償既可以看作企業人力資源的再投資，又可以看作員工價值的實現方式。
5.員工培訓到底是請培訓機構外包，還是自己(人力資源部、培訓部)承擔?前者專業化水平高，技術手段先進，宏觀視野開闊，但是，良莠不齊，魚龍混雜，收費昂貴，缺乏針對性;后者了解培訓的目標、任務、對象和內容，有一定的針對性，但是培訓能力素質不高，手段落后，視野相對狹隘。最好合理劃分培訓外包和企業內訓的內容，取長補短，形成優勢互補，信息源:中國電商人才網_www.job003.cn_雄鷹標志對前瞻性、宏觀性、觀念性、理論性、素養性的培訓，以機構外包為主，但應當經過充分考察、比較鑒別、慎重選擇，對專業性、技術性、制度性、組織性的培訓，以企業內訓為主。還可以考慮，在培訓體系和課程設計中，將個別的外訓課程與培訓師引進企業內訓體系，或是以培訓外包為主的課程體系中，適當穿插企業總經理、專業技術部門的有關課程，做到內外結合，虛實相間，相得益彰。